No servidor rodando Windows também temos o ASP e o MSSQL, enquanto no Linux temos o PHP e MySQL. Existem algumas diferenças entre servidores Linux e Windows:

• Site em HTML sem programação:
  • Para quem não utiliza nenhuma linguagem de programação no site, a única diferença visível é que no Linux os nomes de arquivos são sentitivos, ou seja: "IMAGENS" é diferente de "imagens".
  • Por isso, deve se tomar cuidado com as letras maiúsculas. Recomenda-se utilizar sempre letras minúsculas nos arquivos e diretórios.
• Site com CGI (Perl):
  • Existe a necessidade de alterar as permissões dos arquivos com o chmod (pelo FTP é possível trocar as permissões, bastando editar as propriedades do arquivo). Para executáveis (.cgi, .pl), o chmod deve ser 0755.
  • Para arquivos de dados o chmod deve ser 0666, para diretórios com permissão de escrita global deverá ser posto chmod 0777.
• Páginas escritas em PHP
  • Não existe nenhuma diferença visível, a não ser que você queira trabalhar com arquivos, logo terá que se preocupar com as permissões deles
  • Na verdade o PHP roda bem melhor no Linux e tem diversas funções a mais na linguagem que são específicas do Linux.